Lasut terus diincar oleh Belanda karena pengetahuannya tentang pertambangan dan geologi di Indonesia, tetapi ia tidak pernah mau bekerjasama dengan mereka.
Pada pagi hari tanggal 7 Mei 1949, Lasut diambil oleh Belanda dari rumahnya dan dibawa ke Pakem, sekitar 7 kilometer di utara Yogyakarta.
Di sana ia ditembak mati. Beberapa bulan kemudian jenazahnya dipindahkan ke pekuburan Sasanalaya Jl. Ireda di Yogyakarta di samping isterinya yang telah lebih dulu meninggal pada bulan Desember 1947. Upacara penguburan dihadiri oleh Mr. Assaat, pejabat presiden pada saat itu.
Arie Frederik Lasut mendapat penghargaan Pahlawan Pembela Kemerdekaan oleh pemerintah Indonesia pada tanggal 20 Mei 1969.
Lasut menikah dengan Nieke Maramis pada tanggal 31 Desember 1941. Mereka dikaruniai satu anak perempuan, Winny Lasut.yang dikarunia 3 orang anak Iskandar Zulkarnaen Arifin, Arie Arifin dan Sandy Arifin.
Editor : Fabyan Ilat